Die Stadt liegt inmitten eines ehemaligen Binnendeltas, das durch die Anlage von Mühlgräben und Hochwasserschutzanlagen häufig umgestaltet wurde. So ist die Parthe ehemals ein Nebenfluss der Pleiße gewesen, während sie heute in die Weiße Elster mündet. In den 1950er Jahren wurden der Pleißemühlgraben und ein Teil des Elstermühlgrabens – im Mittelalter für den Betrieb von Mühlen teilweise künstlich angelegte Nebenarme der beiden Flüsse – wegen der Verschmutzung durch Industrieabwässer aus der Braunkohleverarbeitung südlich von Leipzig verrohrt oder verfüllt, so dass Leipzig seinen Charakter als Flussstadt teilweise verlor. Die Einleitung der hochgiftigen Abwässer führte dazu, dass die Flüsse biologisch tot waren. Seit dem weitgehenden Ende der gewässerverschmutzenden Industrie zu Beginn der 1990er Jahren werden beide Flussläufe nach und nach wieder freigelegt.